توفي أول رئيس مصري شرعي مدني منتخب معزول يومه الاثنين 17 يونيو 2019/الموافق 13 شوال 1440ه.وذلك أثناء محاكمته في القاهرة بسبب الاهمال الطبي حيث كان الراحل يعاني من امراض السكري الكبد . الكلى. والازمات القلبية.منذ عزله وحبسه عام 2013م.بعدما انتخب رئيسا شرعيا يوم 17 يونيو 2012..ست -6-سنوات عجاف قضاها الرجل في سجن مصر ظلما وعدوانا في سجن انفرادي..دفنوه فجرا وخفية وبدون مراسيم تليق برئيس مصري مدني منتخب في مقبرة للاخوان المسلمين.مخالفين بذلك وصيته بدفنه في مسقط رأسه..حيث صلوا عليه صلاة الجنازة في السجن.وحضر جنازته ثمانية افراد من عائلته ومقربيه
كما طالبت الامم المتحدة بتحقيق شفاف ومحايد في الموضوع..
منعوا عنه الصلاة في مصر فصلى عليه العالم صلاة الغائب في معظم العواصم الدولية..وفي يوم الجمعة التي تلت وفاته..فأي حب لهذا الرجل العظيم..نحسبه من الشهداء عند الله تعالى..
مات الدكتور مرسي ولن تموت الفكرة، ستبقى إلى أن تتحقّق، “لم تنته الحكاية غدا تطير العصافير” كما قال الدّكتور سليمان العودة، لن يهنأ القتلة ولن يرتاح لهم بال، فالظّلم وإن اشتدّ فهو إلى زوال، أرعبهم حيّا وميّتا، ففي حين تقام صلوات الغائب في الأقصى وتركيا وقطر وتونس وليبيا والجزائر والسّودان وفي قلوب الأحرار في كلّ مكان فيمنع ذلك في بلده مصر وييتمّ دفنه سرّا تحت جنح الظّلام في احدى مقابر مدينة نصر بحضور مقتصر على اثنين من أبنائه مع حرمان زوجته من الحضور رحم الله الدكتور محمّد مرسي وتقبّله في أعلى علّيين مع النبيين والصديقين والشهداء والصالحين وحسن أولئك رفيقا، في مقعد صدق عند مليك مقتدر.
قال الناطق الرسمي السابق باسم القصر الملكي، حسن أوريد، إن ما حدث للرئيس المصري المعزول محمد مرسي، “أكثر من وفاة”، مضيفا أن الرجل لفقت له “اتهامات سريالية”، و”أنحني إجلالا لروحه”. وتابع أوريد في تدوينة على حسابه بموقع “فيسبوك”، “توفي المرحوم محمد مرسي وهو يمثُل أمام المحكمة، بعد سلسلة من المحاكمات والإجراءات التعسفية التي لم تُراع ِوضعه كرئيس سابق انتُخب بطريقة ديمقراطية، ولم تُراعَ فيه الضمانات والحقوق التي تمنح لأي سجين”. واستطرد “فأُفرد في زنزانة انفرادية، مع لذلك من تأثير نفسي أشد من العذاب الجسدي، وحُرم الزيارة، ومُنع الدواء والاستشفاء، وفُصل عن العالم، ولم يحظ بمحاكمة عادلة وشفافة، لاتهامات سريالية ملفقة”. وأوضح أن “الاختلاف في الرأي والتوجه السياسي لا يقوم حجة على تجريد الخصم من وضعه الإنساني، ولذلك فما لحقّ بالمرحوم محمد مرسي، من اعتقال وظروفه ومحاكمة، يتعارض مع ما تواتر من تنظيمات ومقتضيات دولية، ولا يتفق مع سبْق مصر الحقوقي و تراثها القضائي والإنساني.. ولا ينسجم مع هبّة مصر، والآمال التي قدحتها، ولا يتفق وأخلاق أهلها وتاريخها العريق والحديث”. وقال “وبهذه المناسبة الأليمة التي تنفطر لها قلوب الأحرار من كل المشارب، أنحني إجلالا لروح محمد مرسي، وأتقدم بالتعازي لعائلته الكبيرة والصغيرة، ولكل الأحرار في العالم العربي والإسلامي”. وختم تدويتنه قائلا “تغمد الله الفقيد بواسع الرحمة والغفران، وألهم ذويه وصحبه العزاء والسلون. (و لا تحسبنَّ الذين قُتلوا في سبيل الله أمواتا بل أحياء)”.ان لله وانا اليه راجعون.